超微病理研究室于1983年10月由我国著名病理学家、德国自然科学院院士武忠弼教授主持创立，是当时全国唯一的超微病理研究室。2001年，经学科调整，超微病理研究室与病理学教研室合并，共同组建基础医学院病理学系。2004年华中科技大学同济医学院成立医学实验技术公共平台，本室同时被命名为“电子显微镜实验室”。

教学工作  承担同济医学院研究生《超微病理学基础》的教学任务；培养了本专业博士、硕士研究生20余名；协助全校各有关单位的历届博士、硕士研究生完成了学位论文中有关超微结构部分的实验工作。

临床诊断   承担附属协和、同济医院及省内外多家医院的超微病理学诊断任务（主要涉及肾脏病、血液病、神经肌肉疾病、遗传代谢性疾病、不育症、低分化恶性肿瘤等临床诊断工作）。

科研服务   面向全校开展生物电镜样品的制备、观察、超微结构分析，组织化学和细胞化学、计算机图像分析等方面的服务工作。

仪器设备   现有新型荷兰FEI Tecnai G2 12型透射电镜一台、德国OPTON EM10C型透射电镜一台、日本HITACHI S-520型扫描电镜一台；生物电镜样品制备全套设备；此外，还配备有其它相关设备如冷冻切片柜、石蜡切片机、细胞培养箱、荧光显微镜、计算机图像分析系统、组织化学和细胞化学用设备等。